Fakturační systém je komplexní systém navržený pro jednoduchou správu faktur. Umí nejen ukládat a tisknout faktury, ale také může vytvářet šablony a samotné faktury různého typu (dobropis, zálohová faktura, vyúčtovací doklad…). Umožňuje generaci grafů, kontrolních hlášení či podkladů k dani z příjmu. Pokročilejší fakturační systémy dokážou hlídat datum splatnosti, odesílat upomínkové e-maily, samostatně vytvářet opakované faktury (například za nájem, službu, atd.).
